Возможно изменение цвета воды связано с цветением водорослей, что является сезонным процессом.
Природное явление, при котором происходит многократное увеличение концентрации водорослей в водоеме, называется цветением воды. При этом вода чаще всего приобретает зеленый цвет, но может пожелтеть, покраснеть, и даже стать коричневой. Причиной ее окрашивания заключается в высокой концентрации пигмента в клетках водорослей. Чаще всего картина наблюдается в стоячих неглубоких водоемах, таких как пруд, озеро, заводи рек. Благоприятными условиями для размножения водорослей считается жаркая погода, отсутствие дождей.
Делением клеток развивается множество водорослей. Их становится так много, что они захватывают всю площадь водоема. На воде получается густая биомасса, которая не пропускает свет в толщу воды, из-за чего другие водоросли не развиваются. Позднее они загнивают, выделяют пигмент, из-за которого вода меняет цвет и может выделять неприятный запах. Выделяется не только пигмент, а ядовитые вещества, которые отрицательно сказываются на всех живых организмах в данном водоеме. В процессе разложения водоросли усиленно используют кислород, в воде его остается мало, из-за чего рыбам может нечем дышать.
С наступлением похолодания вода обычно принимает свой естественный цвет.